公司应缴纳部分的公积金从员工工资里扣除吗?

公积金是个人缴纳一部分，单位缴纳一部分。个人缴纳的部分从工资里面扣除。

公积金缴纳比例：

住房公积金基本缴存比例为：单位12%，个人9%，且单位和职工个人住房公积金缴存比例均最高不得超过12%;各缴存单位可以根据自身生产经营情况，阶段性适当降低住房公积金缴存比例，但最低缴存比例不得低于5%。

住房公积金，是指国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体及其在职职工缴存的长期住房储金。